Flyktningsaker blei eit hovudområde for legasjonen sitt arbeid og Flyktningskontoret skulle avhjelpe flyktningane sine behov. Kontoret blei oppretta ved legasjonen i Stockholm 28.04.1940 men var frå 1. juli 1941 underordna Sosialdepartementet i London. I 1941 blei det oppretta eit mottakssenter for flyktningar i Öreryd i Småland. Året etter blei mottaket flytta til Kjesäter i Södermanland. Sommaren 1943 blei det oppretta eit mottak for samiske flyktningar i Jokkmokk i Norrbotten. Leiren blei styrt av svenskane fram til hausten 1944. Då blei den ein del av den norske eksiladministrasjonen i Sverige.

Arkiv 

Flyktningskontoret i Stockholm

Det finst rikhaldig dokumentasjon på norsk flyktningeadministrasjon i Sverige under andre verdskrigen. I Flyktningskontoret sitt omfangsrike arkiv er det eit register, det såkalla hovudregisteret, som har opplysningar om alle norske flyktningar i Sverige under krigen. Sjølve registeret er ordna kronologisk etter flyktningnummer men har eit alfabetisk namneregister til hjelp ved søk. Det er elles mykje helseopplysningar i arkivet i form av pasientjournalar, sjukemapper, tannlegekort og liknande.

Arkivet etter Legasjonen/Ambassaden i Stockholm

I dette arkivet finn ein også materiale om krigsåra. Her kan nemnast ein protokollserie med oversikt over utferda og fornya norske pass, og avhøyrsrapportar ordna kronologisk etter flyktningnummer.

Rettskontoret

Av omsyn til svenske styresmakter måtte det vere noko ”fordekt” over den norske flyktningadministrasjonen. Reservepoliti og polititroppar var nemningar ein brukte for å skjule at det dreia seg om militære mannskapar.

I 1942 blei Politikontoret omorganisert med nytt namn: Rettskontoret. Bakgrunnen var behovet for meir kontroll med flyktningane. Det inkluderte tryggingsteneste, overvaking og kontraspionasje. Namneskiftet var også grunngitt med at flyktningane ikkje skulle kjenne seg ”politietterforska.”

Arkivet etter Rettskontoret inneheld inn- og utgåande korrespondanse frå Passkontoret si rettsavdeling, innregistrering av norske flyktningar, søknader om pass, visum og innreiseløyve til Noreg.

Den norske Relief-Central i Sverige

Den norske Relief-Central i Sverige blei oppretta i 1940 for å avhjelpe situasjonen for flyktningar i Sverige og trengande i Noreg. I 1944 blei sentralen innlemma i Medisinaldirektøren sitt kontor i Sverige, men heilt fram til krigen var slutt skapte den sitt eige arkiv. Det består av journalar med register og eit sakarkiv. Sistnemnde dokumenterer den hjelpa som blei gitt i form av medisinar, gåver og pengeinnsamlingar. Enkelte saker omhandlar hjelp til norske barn. Fleire av dei fekk ikkje fullgod ernæring, og klede og sko kunne vere i dårleg forfatning. Nokre barn blei overførte til Sverige.

Arkivet etter Medisinaldirektoratet

I Medisinaldirektoratet sitt arkiv frå London er det ein del dokumentasjon om flyktningadministrasjonen i Sverige. Sakarkivet er emneordna med tema som ernæring, legar, tannlegar, behandling og vaksinasjon av flyktningar.

Generalkonsultatet i Stockholm

Arkivet etter generalkonsulatet i Stockholm har eit avgrensa omfang av krigsmateriale. Sakarkivet består i hovudsak av materiale som omhandlar ekteskap, skilsmisser, bidragssaker, arveoppgjer og liknande.

Relevante arkiv i Arkivportalen

• Sosialdepartementet, Flyktningskontoret i Stockholm (herunder Kjesäterkartoteket; alfabetisk register over ankomne flyktninger er på Digitalarkivet) 
• Utenriksstasjonene, Legasjonen/ Ambassaden i Stockholm, serie Da, nr. 391-450
• Legasjonen i Stockholm, Rettskontoret
• Handelsdepartementet, Skipsfartsavdelingen
• Den norske Relief-Central i Sverige
• Utenriksstasjonene, Generalkonsulatet i Stockholm, Sverige
• Sosialdepartementet 1940-1945, Medisinaldirektøren i London